Laboratorio de Genómica de la UA detectó los primeros casos de la variante Delta

*Tras recibir la validación del ISP, el centro universitario ya entregó 19 secuencias completas extraídas de muestras aportadas por el Minsal. Se trata del primer laboratorio entre Arica y Copiapó en conseguir la aprobación técnica para esta tarea.

Con la entrega de las primeras 19 secuencias completas al banco de datos internacional de genomas de virus (GISAID), el Laboratorio de Genómica Microbiana (LGM) de la Facultad de Ciencias de la Salud de la Universidad de Antofagasta inició su trabajo de vigilancia de variantes del SARS-CoV-2 en el norte de Chile.

Las muestras fueron analizadas mediante Tecnología de Secuenciación por Nanoporo -la misma que emplea el ISP en Santiago- arrojando como resultado cinco casos de variante Gamma, cuatro de Delta, seis de Mu y cuatro correspondientes a otras variantes o linajes no identificados, según cita el último informe de variantes del Minsal.

El trabajo se realiza gracias a la acreditación obtenida por el laboratorio de la UA, que en agosto se convirtió en el primero entre Arica y Copiapó en certificarse ante el ISP para la realización de vigilancia genómica en el norte, lo que significa que una parte de las muestras positivas a Covid-19 recolectadas en esta zona y que resulten de interés para el Ministerio de Salud, podrán ser secuenciadas en la región.

El informe de variantes del Minsal aborda el periodo del 22 de diciembre al 20 de septiembre, y en él se detalla la realización de 8.087 secuenciaciones en todo el país, de las cuales el 61,7% correspondieron a “variantes de preocupación para la salud pública” (Alfa, Beta, Gamma y Delta) y el 26,7% a “variantes de interés” (Eta, Iota, Kappa, Lambda y Mu).

En cuanto a la variante Delta, se establece que al 20 de septiembre se habían registrado 581 confirmaciones por secuenciación genómica a nivel nacional, pero además hay 1.494 casos detectados como probables mediante detección de mutaciones por RT-PCR.

DIRECTORA
La directora del laboratorio de Genómica Microbiana de la UA, Dra. Alexandra Galetovic Carabantes, dijo que la integración de este centro a la red de vigilancia genómica constituye un reconocimiento al trabajo que se viene desarrollando hace más de un año para ampliar sus capacidades y contribuir a la estrategia sanitaria nacional.

“En el LGM hemos asumido el trabajo de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 como un gran desafío y con el afán de aportar a la tarea que lleva adelante el ISP. La vigilancia genómica es muy importante porque permite caracterizar las variantes que están circulando en la región y el país, y eso es fundamental para apoyar la toma de decisiones en salud”, explicó.

Por su parte, Lilian Correa Acuña, jefa de la Unidad de Epidemiología de la Seremi de Salud, dijo que la integración del laboratorio de la UA a la red nacional permitirá mejorar los tiempos de respuesta y “sensibilizar” la estrategia en uso, que no es la misma en todos los casos.

“Para nosotros este es un hito muy relevante. Actualmente hay distintas intervenciones y manejos para los pacientes que vayan teniendo estas variantes y sus contactos estrechos, entonces tener esta vigilancia nos permite profundizar la investigación epidemiológica”, afirmó.

Luego de la certificación del ISP, el laboratorio de la UA debe firmar un convenio de colaboración con el Ministerio de Salud, trámite que debiera oficializarse en las próximas semanas y que no impidió iniciar la labor de secuenciación con las primeras muestras.

“Nosotros ya empezamos con esta tarea, hemos tenido detección de variantes y esperamos que este trabajo colaborativo entre la universidad, el ministerio y los distintos actores se mantenga”, señaló la epidemióloga de la Seremi de Salud.

La capacidad de procesamiento, secuenciación y análisis bioinformático del Laboratorio de la Universidad de Antofagasta será de 48 muestras semanales.

Actualmente el equipo está integrado por los doctores Jorge Araya y Benito Gómez, la Mg. Camila Salazar, dos estudiantes de postgrado del Magister en Ciencias Biomédicas y tres estudiantes de pregrado de las carreras de Bioquímica y Tecnología Médica.

El laboratorio cuenta con una red de colaboración nacional integrada por las universidades chilenas que participan en el Consorcio de Genomas CoV-2, y una red internacional de la cual son parte la John Hopkins University, NIH y el CDC.
Además, en agosto quedó integrado en un convenio firmado entre el ISP y la Universidad de Antofagasta para potenciar la vigilancia genómica, con foco inmediato en el SARS-CoV-2, pero ampliable luego a otros patógenos.